生物質燃料鍋爐的運行與燃煤鍋爐的運行一樣，根據不同的鍋爐規格和型號設置不同的燃燒設備。但由于生物質顆粒燃料是是經過壓縮成型的，水分大、密度高、揮發分溢出速度慢，不易著火燃燒，容易冒黑煙。所以要保證生物質燃料燃燒完全要做到幾下幾個方面：

1、要使燃燒設備與所用燃料相適應；

2、要從提高爐膛溫度、改善燃燒來減少不完全損失；

3、要從燃料空氣比例，煤層厚度，爐排速度，爐膛負壓和過量空氣系數等來進行調節和控制；

4、在運行中要加強檢查、維護和保養。